Документация - Параметры коммандной строки.

Параметры командной строки для клиента FileZilla

Краткий обзор

filezilla [<FTP URL>]
filezilla -s
filezilla -c <сайт>  

Опции

• <FTP URL>

Принимает любой URL в форме

[протокол://][пользователь[:пароль]@]хост[:порт][/путь]
например:  sftp://username:password@server:port

Доступные протоколы: ftp:// (протокол по умолчанию), ftps://, ftpes:// и sftp://

• -s, --sitemanager

Запуск с открытым менеджером сайтов. Используется без параметра URL и параметра -c.

• -c, --site

Подключение к указанному сайту из менеджера сайтов. Сайт должен быть указан с помощью полного пути, с косой чертой в качестве разделителя. Все (обратные) косые черты внутри самого пути должны быть обозначены обратной косой чертой. Префиксом пути должен быть 0 для записей, определенных пользователем, и 1 для записей по умолчанию. Путь к сайту не может содержать двойных кавычек. Пример: 0/foo/bar/sl\/ash - подключение к пользовательскому сайту sl/ash из директории foo/bar

• --close (только Windows)

Завершение всех запущенных процессов FileZilla.

Пример

Для подключения из командной строки к сайту Backup server из директории foo/bar воспользуйтесь командой

filezilla -c "0/foo\/bar/Backup server"