Ограничения

Хранение логина и пароля в текстовом формате
Клиент FileZilla записывает FTP адреса, имена пользователей и пароли в текстовом формате (нешифрованно). Это означает, что вирус или другая вредоносная программа может считать эту информацию, если компьютер, на котором установлен клиент FileZilla, был заражен. Некоторые виды вредоносных программ специализируются на поиске ftp адресов в текстовых данных и подбирают логин и пароль используя текст из этих файлов. Это делает функцию QuickConnect неподходящей для серверов которые не могут быть подвергнуты риску взлома в результате заражения вирусом или другой вредоносной программой через FTP пользователя.

FTP достаточно хрупкий протокол, поэтому FileZilla несет в себе некоторые ограничения связанные с ним.

FileZilla игнорирует отступы в имени файла
Это происходит на FTP серверах не поддерживающих команду MLSD. В таких случаях FileZilla выдает список LIST. К сожалению, формат списка выдаваемый LIST не стандартизирован. В таких случаях невозможно отличить отступы от padding. Чтобы этого не происходило просто используйте более современные сервера, которые имеют поддержку MLSD, или не используйте отступы.
Процесс загрузки продолжается после 100%
Некоторые FTP серверы, например Microsoft IIS FTP server, имеют серьезные ошибки. Они заявляют о поддержке докачки, но вместо этого снова шлют файл целиком. К сожалению это нельзя отследить на базе клиента. Но будьте готовы к тому, что передаваемый файл может иметь размер больший, чем указано. Например, если новые данные были добавлены к файлу во время загрузки (как файлы журнала).